苏研院
分析中心介绍
定量蛋白组分析
目前定量蛋白质组学技术主要分为标记（Label）和非标记的（Label Free）定量策略，其中标记策略又分为体内标记（如 SILAC、15^N 标记），以及体外标记（如 iTRAQ、TMT 标记）。
采用Thermo Fisher的Q ExactiveHF质谱平台，Orbitrap Fusion质谱平台，Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，为广大科研工作者提供以下检测服务：
基于Label Free的定量蛋白组分析
基于标签的蛋白质定量技术-iTRAQ，TMT， SILAC
DIA定量蛋白质组学
半定量蛋白质组学分析
2D-DIGE定量蛋白质组学
SWATH定量蛋白组学服务
靶向蛋白质组学
靶向蛋白组学定量技术主要包括MRM（multiple reaction monitoring）和PRM（parallel reaction monitoring）。MRM也称为SRM（selected reaction monitoring），使用三重四级杆质谱（QQQ-MS）对符合目标离子规则的信号进行采集，从而实现目标蛋白质的相对或定量。PRM衍生于MRM，结合了四级杆的高选择性以及Orbitrap的高分辨和高精度的特性，在对选定的母离子进行裂解后会测量所有的碎片离子，具有更好的检测灵敏度和抗干扰能力。
高通量质谱平台提供靶向蛋白质组学分析服务：
平行反应监测PRM服务
MRM/PRM定量蛋白组学分析
定量分析（AQUA）
翻译后修饰蛋白组分析
蛋白质翻译后修饰（PTMs）是指蛋白质在翻译中或翻译后的化学修饰过程。蛋白质翻译后修饰（PTMs）通过给蛋白质添加磷酸酯、乙酸酯、酰胺基或甲基等官能团增加蛋白质组的功能多样性，并影响正常细胞生物学和发病机理的几乎所有方面。蛋白质翻译后修饰在许多细胞过程中起着关键作用，如细胞分化、蛋白质降解、信号传导和调节过程、基因表达调节以及蛋白质相互作用。蛋白质翻译后修饰PTMs通常包括磷酸化、糖基化、泛素化、亚硝基化、甲基化、乙酰化、脂质化和蛋白水解。因此，PTM的特征（包括修饰类别和修饰位点）在细胞生物学以及疾病诊断和预防研究中至关重要。
磷酸化定量蛋白组学研究
乙酰化定量蛋白组研究
泛素化定量蛋白组学研究
糖基化定量蛋白组学研究
甲基化定量蛋白组学研究
酰化定量蛋白质组研究
蛋白质SUMO化鉴定
S-亚硝基化分析
组蛋白翻译后修饰分析
蛋白二硫键鉴定和定量分析
基于Top down自上而下法的PTMs表征
4D蛋白质组学
目前，蛋白质组学质谱分析一般是根据保留时间（retention time）、质荷比（m/z）、离子强度（intensity）这三个维度对肽蛋白质进行鉴定和定量，即3D蛋白质组学。4D蛋白质组学在3D蛋白质组学的基础之上增加了第四维度，离子淌度（mobility），主要根据离子的形状和截面对离子进行分离，能够区分m/z差值非常小的肽段，使低丰度蛋白信号能够被区分和识别出来。
提供基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学研究服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。
多肽组学
多肽组学分析的目的不仅是要鉴定并验证所研究的生物样品中的所有内源性肽，还包括比较特定生化过程中目标肽的表达水平。而借助质谱技术，可实现对目标肽无偏差的分析。质谱技术用于多肽组学的分析可以实现样品中多肽的定性和定量。
采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合nanoLC-MS/MS纳升色谱，提供以下多肽组学分析服务：
肽纯度分析
多肽组学分析
多肽生物标志物鉴定
多肽质谱鉴定
样品蛋白质组学
蛋白质组学的常见样品包括细胞样品、组织样品和体液样品。细胞样品包括动物细胞、植物细胞和真菌、细菌等微生物细胞，组织样品包括动物组织和植物组织，体液样品包括血清、血浆和尿液等。此外，蛋白质组学研究的样品可以是来自蛋白质胶点、胶条、IP或Co-IP样品、石蜡包埋样品、外泌体、亚细胞等等。
外泌体蛋白质组学
可以完成包括，从外泌体分离到蛋白质鉴定和蛋白质定量的整个流程。可以实现多种类型样品中外泌体的分离，包括血浆/血清、脑脊液、唾液、鼻涕、尿液、胆汁、细胞培养基等。
亚细胞蛋白质组学
提供亚细胞蛋白质组学分析服务，包括定性和定量分析膜蛋白质组、线粒体蛋白质组、组蛋白、叶绿体蛋白质组等等。
细胞表面蛋白质组学
提供专业全面的细胞表面蛋白质组学服务，用于细胞表面蛋白质组的鉴定和定量，包括从细胞表面蛋白提取到蛋白质鉴定和蛋白质定量等质谱分析的整个流程。
蛋白质组学分析策略
蛋白质组学分析包括分析蛋白质的结构和功能、翻译后修饰情况、蛋白质定位、蛋白质表达情况以及蛋白质间的相互作用等等。基于不同的分析内容可以采用不同的蛋白质组学分析技术和分析策略。
基于Top down自上而下蛋白质组学
DIA-PRM蛋白质组学
PCT-DIA蛋白质组学
蛋白质组学生物信息学分析
基于生物信息分析方法的研究进展，建立蛋白组数据生物信息学分析平台，提供一整套的生物信息学解决方案包括：组学数据的质量分析、组学数据的差异表达分析、差异表达蛋白GO、KEGG、COG注释分析、蛋白质聚类分析、相互作用网络等多层次网络和通路的分析。同时我们可以根据客户的要求和参考文献提供定制化的生物信息学分析服务，从高通量的实验数据中发现生物学知识，帮助客户进行药物设计、毒性分析和疾病标志物的发现。
蛋白质质谱鉴定
提供以下蛋白质质谱鉴定服务：
1. 对纯化蛋白进行蛋白质质谱分析/质谱鉴定；
2. 对蛋白胶点，蛋白质胶条质谱鉴定，蛋白银染胶质谱鉴定，考染/荧光/Zn/Cu2+等类型染色的胶点/胶条样品进行鉴定；
3. 对pull-down蛋白质谱鉴定、IP蛋白互作的IP-MS互作蛋白鉴定、Co-IP质谱验证互作蛋白，免疫共沉淀结合质谱验证，等简单混合物样品中的蛋白样品进行蛋白质鉴定/分析；
4. 对复杂样品中的未知蛋白质进行蛋白质谱分析/蛋白质谱鉴定。即使是非常低浓度的蛋白样品也可能通过蛋白质谱鉴定。
糖组学分析服务
糖组学是指在组学水平上收集、分析和利用糖苷的生物学数据。脂质和蛋白质糖基化的深远生物学效应使糖组学成为生命科学的重要领域。N糖谱分析（对所有聚糖的综合研究）是基因组学和蛋白质组学研究的一个好的补充。在细胞或生物体水平上的糖组学研究可用于提供有关糖组、糖蛋白、脂质或其他类型生物分子的总糖基化模式的一般概述。糖组学分析可用于比较两种糖工程改造的宿主菌株在治疗性糖蛋白生产方面的差异，或对不同阶段的疾病数据进行比较，从而发现新的生物标志物等。
该服务可用于鉴定血浆/血清、细胞、组织或生物体表达的全部N-糖。所有与蛋白质连接的聚糖都将通过酶消化水解，通过亲水色谱法分离后，使用MALDI-TOF MS系统进行定量分析。
代谢组学
代谢组学（英语：metabolomics）是对细胞、生物流体、组织或生物体内的小分子（通常称为代谢物，metabolites）的大规模研究。这些小分子及其在生物系统中的相互作用统称为代谢组。能够对生物样本中的代谢物进行全面分析的一项新兴技术，被定义为代谢组学技术。
代谢组学分析方案包括：
气相色谱-质谱联用 (GC-MS): 常用于水溶性代谢物（需要衍生化）、部分脂类和有机酸的靶向分析。
液相色谱-质谱联用 (LC-MS): 非靶向代谢组学，靶向代谢组学，非靶向脂质组学，靶向脂质组学。常用于氨基酸、糖类、醇类、有机酸、胺类、TCA循环中间体等水溶性小分子以及脂质大分子的靶向和非靶向分析
核磁共振法 (NMR Spectroscopy): 常用于简单样品或纯化样品的的物质鉴定和分析
*除血液，血清等易处理样品外，来自细胞、组织或细菌等样品均可进行代谢组学分析。
蛋白质组学与代谢组学整合分析
蛋白质组是一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。代谢组是一种细胞乃至一种生物所有代谢物的集合。代谢物的产生和代谢是一系列调节事件的终结果，蛋白质组引起的功能改变会在代谢层面放大。将生物样本进行蛋白质组学和代谢组学整合分析，可以相互验证和相互补充，从而更系统全面地解析生物分子功能和调控机制，实现对生物变化大趋势及方向的了解。
蛋白质组学定性及定量服务，多种样品靶向和非靶向代谢组学分析服务，结合可定制化的生物信息学分析方法，为您提供从实验设计、样品检测、到数据分析的一站式蛋白质组学与代谢组学整合分析服务，可满足多种检测需求。
脂质组学与蛋白质组学整合分析
脂质组学是代谢组学的一个重要分支，是对生物体、组织或细胞中的脂质以及与其相互作用的分子进行全面系统的分析、鉴定，了解脂质的结构和功能，进而揭示脂质代谢与生命活动的关系的科学。蛋白质组学是从整体水平上分析一个生物体、组织或细胞中的蛋白质组成及其活动规律的科学。整合脂质组学与蛋白质组学数据对生物样本进行研究，可以更系统全面地解析生物分子功能和调控机制，筛选重点生物通路或者基因、脂质代谢产物及蛋白酶等进行后续深入研究与应用。
采用先进的串联质谱仪和分析软件，可提供定制检测方案，快速精确的分析服务，帮助客户进行脂质代谢组学检测，与可提供多种蛋白质组学的定量和定性服务的Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合nanoLC-MS/MS纳升色谱，结合可定制化的生物信息学分析方法进行整合，提供从实验设计、样品检测、数据分析一站式脂质组学和蛋白质组学整合分析服务，可满足多种检测需求。
翻译后修饰蛋白质组与代谢组整合分析
采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合nanoLC-MS/MS纳升色谱，将磷酸化/糖基化/泛素化/乙酰化/甲基化/二硫键/亚硝基化等翻译后修饰鉴定服务，多种样品靶向和非靶向代谢组学分析服务，结合可定制化的生物信息学分析方法进行整合，为广大科研工作者提供基于质谱的翻译后修饰蛋白质组与代谢组整合分析服务。
